昌吉州是新疆重要的农牧业生产基地，盛产小麦、玉米、水稻、棉花、制酱番茄、糖料、油料、西甜瓜和各类水果。农业产业化迅速发展，粮食、棉花、畜产品、制种、瓜果、蔬菜、番茄、乳品、葡萄酿酒、菌草等12个优势产业带、产业区形成规模，龙头企业达到166家，分别有6家、37家企业进入国家、自治区农业产业化重点龙头企业行列。

    全州畜牧业占大农业的比重和肉类总产均居新疆首位。玛纳斯县为国家优质棉花之乡、中国优质加工番茄之乡及中国优质酿酒葡萄之乡，奇台县为国家级粮食大县，吉木萨尔县为中国北庭白皮大蒜之乡、中国高淀粉马铃薯之乡、中国黑穗醋栗之乡。

    2005年完成农业增加值75.1亿元，增长11.1%,高出自治区4.6个百分点。粮棉生产均创历史新高，粮食总产量84.14万吨，增长18.23%；棉花总产量12.32万吨，增长4.29%。现代畜牧业稳步发展，肉产量23.3万吨，增长9.6%，蛋产量4.8万吨，增长8.8%，奶产量35.68万吨，增长8.3%；